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<!--== Thermodynamik in der Strukturbiologie (BPC I) ==
17-19. Januar 2022
* Vorlesung ''Mikroskopische Bewegung—makroskopische Thermodynamik'' ([[Media:210118_HandoutTD.pdf‎|PDF]])
* Aufgaben ([[Media:210118_Aufgaben.pdf‎|PDF]])
* Lösungen Aufgaben 1-2 ([[Media:210118_LoesungenAufgaben12.pdf‎|PDF]])
* Lösungsblatt ([[Media:210118_Loesungsblatt.pdf‎|PDF]], [[Media:210118_Loesungsblatt.docx|Word]])
* Lösungsblatt Ergebnisse ([[Media:210120_LoesungsblattErgebnisse.pdf‎|PDF]])
* Simulationen Aufgabe 5 ([[Media:210120_SimulationenAufgabe5.zip|ZIP]])
* Simulationen Aufgabe 6 ([[Media:210120_SimulationenAufgabe6.zip|ZIP]])
* Simulationssoftware CARNOT für [[Media:carnot-2.1-win.zip|Windows]], [[Media:carnot-2.1-mac.zip|MacOS]], [[Media:carnot-2.1-linux.zip|Linux]]
18-20. Januar 2021
* Vorlesung ''Mikroskopische Bewegung—makroskopische Thermodynamik'' ([[Media:210118_HandoutTD.pdf‎|PDF]])
* Vorlesung ''Einführung in die Simulationssoftware Carnot'' ([[Media:210118_HandoutCarnot.pdf‎|PDF]])
* Aufgaben ([[Media:210118_Aufgaben.pdf‎|PDF]])
* Lösungen Aufgaben 1-2 ([[Media:210118_LoesungenAufgaben12.pdf‎|PDF]])
* Lösungsblatt ([[Media:210118_Loesungsblatt.pdf‎|PDF]], [[Media:210118_Loesungsblatt.docx|Word]])
* Lösungsblatt Ergebnisse ([[Media:210120_LoesungsblattErgebnisse.pdf‎|PDF]])
* Simulationen Aufgabe 5 ([[Media:210120_SimulationenAufgabe5.zip|ZIP]])
* Simulationen Aufgabe 6 ([[Media:210120_SimulationenAufgabe6.zip|ZIP]])
* Simulationssoftware CARNOT für [[Media:carnot-2.1-win.zip|Windows]], [[Media:carnot-2.1-mac.zip|MacOS]], [[Media:carnot-2.1-linux.zip|Linux]]
20-22. Januar 2020
* [[Media:200120_Aufgaben1-6b.pdf‎|Aufgaben]]
* [[Media:200120_BPCIThermodynamikStatistischeMechanik.pdf‎|Vorlesung Mikroskopische Bewegung—makroskopische Thermodynamik]]
* [[Media:carnot-1.3.zip|Simulationssoftware]]
* [[Media:200120 LoesungenAufgaben1.pdf|Lösungen Aufgabe 1]]
* [[Media:200120 LoesungenAufgaben1-2.pdf|Lösungen Aufgaben 1-2]]
* [[Media:200122 ErgebnisseAufgabe5.pdf|Ergebnisse Aufgabe 5]]
* [[Media:200122 ErgebnisseAufgabe6.pdf|Ergebnisse Aufgabe 6]]
21-23. Januar 2019
* [[Media:190121_BPCIThermodynamikStatistischeMechanik.pdf‎|Vorlesung Mikroskopische Bewegung—makroskopische Thermodynamik]]
* [[Media:190121_Aufgaben.pdf‎|Aufgaben]]
* [[Media:carnot-1.2.zip|Simulationssoftware]]
* [[Media:190123 Loesungen Aufgaben 2.3-3.2.pdf|Lösungen Aufgaben 2.3-3.2]]
* [[Media:180122_BPCIThermodynamikStatistischeMechanik.pdf‎|Thermodynamik und Statistische Mechanik]], 22/24. Januar 2018
* [[Simulation Setup]], 22/24. Januar 2018
== Biophysikalische Chemie IV (BPC IV) ==
== Biophysikalische Chemie IV (BPC IV) ==


* [[Media:201207_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|Slides Vorlesung NMR Strukturbestimmung]], 7. Dezember 2020
* [[Media:191118_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|Slides Vorlesung NMR Strukturbestimmung]], 18. November 2019
* [[Media:181126_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|Slides Vorlesung NMR Strukturbestimmung]], 26. November 2018
* [[Media:171127_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|Slides Vorlesung NMR Strukturbestimmung]], 27. November 2017
* [[Media:151207_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|NMR Strukturbestimmung]], 5. Dezember 2016
* [[Media:151207_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|NMR Strukturbestimmung]], 7. Dezember 2015
* [[Media:121203_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|NMR Strukturbestimmung]], 3. Dezember 2012
* [[Media:091130_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|NMR Strukturbestimmung]], 30. November 2009
* [[Media:091130_BPCIVVorlesungNMRStrukturbestimmung.pdf‎|NMR Strukturbestimmung]], 30. November 2009


== Fortgeschrittenenpraktikum in Biophysikalischer Chemie ==
== Fortgeschrittenenpraktikum in Biophysikalischer Chemie ==


* [[Strukturrechnung mit CYANA]], 16-18. Dezember 2019
* [[Strukturrechnung mit CYANA (Dez 2018)]], 17-19. Dezember 2018
* [[Strukturrechnung mit CYANA (Dez 2017)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 18-20. Dezember 2017
* [[Strukturrechnung mit CYANA (Jan 2016)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 20-21. Januar 2016
* [[Strukturrechnung mit CYANA (2015)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 14-15. Januar 2015
* [[Strukturrechnung mit CYANA (2014)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 20-21. Januar 2014
* [[Strukturrechnung mit CYANA (2012)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 23-25. Januar 2013
* [[Strukturrechnung mit CYANA (2012)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 12/13. Januar 2012
* [[Strukturrechnung mit CYANA (2010)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 26/27. Januar 2011
* [[MD Simulation]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 15. und 19. Januar 2010
* [[MD Simulation]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 15. und 19. Januar 2010
* [[Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 14. Januar 2010
* [[Strukturrechnung mit CYANA (2010)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 14. Januar 2010
* [[Strukturrechnung mit CYANA (2009)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 13. Januar 2009
* [[Strukturrechnung mit CYANA (2009)|Strukturrechnung mit CYANA]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 13. Januar 2009
== Strukturelle Bioinformatik (Masterstudiengang Biochemie) ==
==== Moleküldynamik-Simulation von Proteinen ====
* [[Media:190617 SkriptMD.pdf|Skript Vorlesung MD Simulation]], 17. Juni 2019
* [[Media:190617 SlidesMD.pdf|Slides Vorlesung MD Simulation]], 17. Juni 2019
* [[Media:190619 TutorialMD.pdf|Tutorial MD Simulation]], 17/19. Juni 2019
* [[Media:190619 TutorialMDAntwortenFragen.pdf|Antworten zu Fragen im Tutorial MD Simulation]], 19. Juni 2019
==== Strukturmodellierug von Proteinen ====
* [[Media:190624 SlidesModellig.pdf|Slides Vorlesung Strukturmodellierug]], 24. Juni 2019
* [[Media:190624 Tutorial Modelling.pdf|Tutorial Strukturmodellierung]], 24/26. Juni 2019
* [[Media:190626 AntwortenFragenTutorialModelling.pdf|Antworten zu Fragen im Tutorial Strukturmodellierung]], 26. Juni 2019
== Strukturelle Bioinformatik (Masterstudiengang Biochemie) ==
==== Moleküldynamik-Simulation von Proteinen ====
* [[Media:180618 SkriptMD.pdf|Skript Vorlesung MD Simulation]], 18. Juni 2018
* [[Media:180618 SlidesMD.pdf|Slides Vorlesung MD Simulation]], 18. Juni 2018
* [[Media:180618 TutorialMD.pdf|Tutorial MD Simulation]], 18/20. Juni 2018
* [[Media:180627 AntwortenFragenTutorialMD.pdf|Antworten zu Fragen im Tutorial MD Simulation]], 27. Juni 2018
==== Strukturmodellierug von Proteinen ====
* [[Media:180625 SlidesModellig.pdf|Slides Vorlesung Strukturmodellierug]], 25. Juni 2018
* [[Media:180625 Tutorial Modelling.pdf|Tutorial Strukturmodellierung]], 25/27. Juni 2018
* [[Media:180627 AntwortenFragenTutorialModelling.pdf|Antworten zu Fragen im Tutorial Strukturmodellierung]], 27. Juni 2018
Vorlesung: Hörsaal N100 1.14; Di 8:15-11:00, wenn nichts anderes angegeben
* 15.04.2014 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
* 22.04.2014 [[Media:140422 StrukturbestimmungXray.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie]] (P. Güntert)
* 29.04.2014 [[Media:140429 StrukturbestimmungNMR.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit NMR Spektroskopie]] (P. Güntert)
* 06-20.05.2013 [[Media:140506 MD Theorie.pdf|MD Simulation: Theorie]], [[Media:140506 Bewegungsgleichungen.pdf|Bewegungsgleichungen]], [[Media:140513 Erhaltungsgroessen.pdf|Erhaltungsgrößen]], [[Media:140520 IntegrationBewegungsgleichungen.pdf|Integration der Bewegungsgleichungen, Temperatur- und Druckanpassung]] (P. Güntert)
* 27.05. - 15.07.2013 MD Simulation Praxis, Strukturmodellierung und -vorhersage (O. Mirus)
* 30.06.2014 [[Media:140630 Uebungsaufgaben.pdf|Übungsaufgaben]] (P. Güntert)
* 08.07.2014 [[Media:140708 UebungsaufgabenLoesungen.pdf|Lösungen der Übungsaufgaben]] (P. Güntert)
* 04.08.2014 Klausur (10:00-12:00, Otto-Stern-Zentrum Hörsaal H3)
== Strukturelle Bioinformatik (Masterstudiengänge Bioinformatik und Biochemie) ==
Vorlesung: Hörsaal N100 1.14; Di 8:15-11:00, wenn nichts anderes angegeben
* 15.04.2014 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
* 22.04.2014 [[Media:140422 StrukturbestimmungXray.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie]] (P. Güntert)
* 29.04.2014 [[Media:140429 StrukturbestimmungNMR.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit NMR Spektroskopie]] (P. Güntert)
* 06-20.05.2013 [[Media:140506 MD Theorie.pdf|MD Simulation: Theorie]], [[Media:140506 Bewegungsgleichungen.pdf|Bewegungsgleichungen]], [[Media:140513 Erhaltungsgroessen.pdf|Erhaltungsgrößen]], [[Media:140520 IntegrationBewegungsgleichungen.pdf|Integration der Bewegungsgleichungen, Temperatur- und Druckanpassung]] (P. Güntert)
* 27.05. - 15.07.2013 MD Simulation Praxis, Strukturmodellierung und -vorhersage (O. Mirus)
* 30.06.2014 [[Media:140630 Uebungsaufgaben.pdf|Übungsaufgaben]] (P. Güntert)
* 08.07.2014 [[Media:140708 UebungsaufgabenLoesungen.pdf|Lösungen der Übungsaufgaben]] (P. Güntert)
* 04.08.2014 Klausur (10:00-12:00, Otto-Stern-Zentrum Hörsaal H3)
== Aspekte der Thermodynamik in der Strukturbiologie (BPC I) - Einführung in die statistische Physik ==
Beginn: 25.10.2012
== Strukturelle Modellierung (Masterstudiengang Bioinformatik) ==
Vorlesung: Hörsaal N100 1.14; Di 8:15-11:00, wenn nichts anderes angegeben
* 16.04.2013 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
* 23.04.2013 [[Media:130423 StrukturbestimmungXrayL.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie]] (P. Güntert)
* 30.04.2013 [[Media:130430 StrukturbestimmungNMRL.pdf|Proteinstrukturbestimmung mit NMR Spektroskopie]] (P. Güntert)
* 07-21.05.2013 [[Media:130507 MD TheorieL.pdf|MD Simulation: Theorie]] (P. Güntert)
* 28.05. - 9.07.2013 MD Simulation Praxis, Strukturmodellierung und -vorhersage (O. Mirus)
* 16.07.2013 Klausur
* 26.04.2012 Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie/NMR (P. Güntert)
* 03.05.2012 Proteinstrukturbestimmung mit NMR (P. Güntert)
* 10.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Theorie ('''N260 3.13'''; P. Güntert)
* 24.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Theorie (P. Güntert)
* 31.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
* 14.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
* 21.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* 28.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* 05.07.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* 12.07.2012 Klausur
* Do 24.05.2012 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
* Do 31.05.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* '''Mo''' 11.06.2012 [http://www.bpc.uni-frankfurt.de/guentert/Reprints/120611_Strukturbestimmung.pdf Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie und NMR] (P. Güntert; '''Blockkurs 9:00-17:00''')
* '''Di''' 12.06.2012 [http://www.bpc.uni-frankfurt.de/guentert/Reprints/120612_MD_Theorie.pdf Moleküldynamiksimulation: Theorie] (P. Güntert; '''Blockkurs 9:00-17:00''')
* Do 14.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
* Do 21.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
* Do 28.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* Do 05.07.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* Do 12.07.2012 Klausur
Uebungen: Mi 10:00-17:00, N100 0.12c (Beilstein-Zentrum)
* 20.06.2012 MD Simulation mit [http://www.yasara.org/ YASARA]
* 27.06.2012 MD Simulation mit YASARA
[https://qis.server.uni-frankfurt.de/qisserver/rds?state=verpublish&status=init&vmfile=no&moduleCall=webInfo&publishConfFile=webInfo&publishSubDir=veranstaltung&veranstaltung.veranstid=83818 Eintrag im Vorlesungsverzeichnis]
[http://www.cs.uni-frankfurt.de/index.php/de/studierende-studiengaenge/studierende-studiengaenge-master-bioinformatik.html Masterstudiengang Bioinformatik]
== Anfängerpraktikum in Biophysikalischer Chemie ==
* [[Media:DockingSkript2013.pdf|Docking]] ([http://www.bpc.uni-frankfurt.de/guentert/Download/bpc1docking2013.tgz Daten]), [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 26. März und 3. April 2013 (Vorbesprechung 19/20. März 2013)
* [[Media:100224_DockingAnleitung.pdf|Docking]], [http://www.bcc.uni-frankfurt.de/ Beilstein Computer Center], 5. und 12. März 2010 (Vorbesprechung 3. bzw. 10. März 2010)
== Aspekte der Thermodynamik in der Strukturbiologie (BPC I) - Einführung in die Bioinformatik ==
* 19.10.2012 [[Media:121019 Introduction.pdf‎|Einführung]]
* 26.10.2012 [[Media:121026 FindingInformation.pdf‎|Finding information: Literature, Proteins, Alignments]]
* 02.11.2012 [[Media:121102 PairwiseAlignment.pdf‎|Pairwise Sequence Alignment]]
* 09.11.2012 [[Media:121102 ScoringOfAlignments.pdf‎|Scoring of Alignments]]
* 30.11.2012 [[Media:121130 AlignmentAlgorithms.pdf‎|Alignment Algorithms]]
* 07.12.2012 [[Media:121207 AlignmentSignificance.pdf‎|BLAST and Alignment Significance]]
* 14.12.2012 [[Media:121214 Phylogeny.pdf‎|Phylogeny]]
* 21.12.2012 [[Media:121221 Uebung.pdf‎|Übungsaufgaben]]
* 18.01.2013 [[Media:130118 UebungLoesungen.pdf‎|Lösungen der Übungsaufgaben]]
* 25.01.2013 [[Media:130125 ProteinDataBank.pdf‎|Protein Data Bank (PDB)]]
* 08.02.2013 [[Media:130208 ProteinStructureSimilarity.pdf‎|Protein Structure Similarity]]
* 15.02.2013 [[Media:130215 ProteinModeling.pdf‎|Structure Modeling]]
== Strukturelle Modellierung (Masterstudiengang Bioinformatik) ==
Vorlesung: Hörsaal N100 1.14; Do 8:00-11:00, wenn nichts anderes angegeben
* 12.04.2012 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
* 19.04.2012 Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie ('''N260 3.13'''; P. Güntert)
* 26.04.2012 Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie/NMR (P. Güntert)
* 03.05.2012 Proteinstrukturbestimmung mit NMR (P. Güntert)
* 10.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Theorie ('''N260 3.13'''; P. Güntert)
* 24.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Theorie (P. Güntert)
* 31.05.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
* 14.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
* 21.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* 28.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* 05.07.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* 12.07.2012 Klausur
* Do 24.05.2012 Aufbau von Proteinen (O. Mirus)
* Do 31.05.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* '''Mo''' 11.06.2012 [http://www.bpc.uni-frankfurt.de/guentert/Reprints/120611_Strukturbestimmung.pdf Proteinstrukturbestimmung mit Röntgenkristallographie und NMR] (P. Güntert; '''Blockkurs 9:00-17:00''')
* '''Di''' 12.06.2012 [http://www.bpc.uni-frankfurt.de/guentert/Reprints/120612_MD_Theorie.pdf Moleküldynamiksimulation: Theorie] (P. Güntert; '''Blockkurs 9:00-17:00''')
* Do 14.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
* Do 21.06.2012 Moleküldynamiksimulation: Anwendungen (O. Mirus)
* Do 28.06.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* Do 05.07.2012 Strukturvorhersage (O. Mirus)
* Do 12.07.2012 Klausur
Uebungen: Mi 10:00-17:00, N100 0.12c (Beilstein-Zentrum)
* 20.06.2012 MD Simulation mit [http://www.yasara.org/ YASARA]
* 27.06.2012 MD Simulation mit YASARA
[https://qis.server.uni-frankfurt.de/qisserver/rds?state=verpublish&status=init&vmfile=no&moduleCall=webInfo&publishConfFile=webInfo&publishSubDir=veranstaltung&veranstaltung.veranstid=83818 Eintrag im Vorlesungsverzeichnis]
[http://www.cs.uni-frankfurt.de/index.php/de/studierende-studiengaenge/studierende-studiengaenge-master-bioinformatik.html Masterstudiengang Bioinformatik]
== Aspekte der Thermodynamik in der Strukturbiologie (BPC I) ==
* 21.10.2011 [[Media:111021_Konformation_von_Polypeptiden.pdf‎|Konformation von Polypeptiden]]
* 04.11.2011 [[Media:111104_Struktur_von_Proteinen.pdf|Struktur von Proteinen]]
* 18.11.2011 [[Media:111118_Primaerstruktur.pdf|Primärstruktur]]
* 02.12.2011 [[Media:111202_Sekundaerstrukturvorhersage.pdf|Nicht-regelmäßige Sekundärstruktur, Sekundärstrukturvorhersage, Strukturmotive]]
* 09.12.2011 [[Media:111209_Proteinstrukturklassen.pdf|Strukturklassen und α-helikale Proteine]]
* 13.01.2012 [[Media:120113_BetaBlattProteine.pdf|β-Blatt Proteine]]
* 27.01.2012 [[Media:120127_Oligomere.pdf|Oligomere]]
* 03.02.2012 [[Media:120203_ProteinDataBank.pdf|Protein Data Bank (PDB)]]
* 10.02.2012 [[Media:120210_StructureAnalysisTools.pdf|Strukturanalysetools und Strukturvorhersage]]


== Computergestützte Strukturbiologie (Strukturelle Bioinformatik) ==
== Computergestützte Strukturbiologie (Strukturelle Bioinformatik) ==
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Prüfungstermine zu dieser Vorlesung sind nur noch am 10.12.2009 möglich.  
Prüfungstermine zu dieser Vorlesung sind nur noch am 10.12.2009 möglich.  
Terminvereinbarung zur mündlichen Prüfung bitte im Sekretariat Biophysikalische Chemie, Biozentrum Raum N230 1.04, bei [mailto:s.fachinger@bpc.uni-frankfurt.de Frau Sigrid Oğuzer-Fachinger], Tel. 069 798 29630.  
Terminvereinbarung zur mündlichen Prüfung bitte im Sekretariat Biophysikalische Chemie, Biozentrum Raum N230 1.04, bei [mailto:s.fachinger@bpc.uni-frankfurt.de Frau Sigrid Oğuzer-Fachinger], Tel. 069 798 29630.
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[https://qis.server.uni-frankfurt.de/qisserver/rds?state=verpublish&status=init&vmfile=no&moduleCall=webInfo&publishConfFile=webInfoPerson&publishSubDir=personal&personal.pid=2667&menuid=&topitem=members&subitem=#treeview Eintrag im Hochschulinformationssystem HISQIS]
[https://qis.server.uni-frankfurt.de/qisserver/rds?state=verpublish&status=init&vmfile=no&moduleCall=webInfo&publishConfFile=webInfoPerson&publishSubDir=personal&personal.pid=2667&menuid=&topitem=members&subitem=#treeview Eintrag im Vorlesungsverzeichnis]

Latest revision as of 07:21, 3 June 2024


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